Định danh loài cá bống suối đầu ngắn (Philypnus chalmersi Nichols & Pope) tại tỉnh Thái Nguyên sử dụng trình tự đoạn gen COI và 16S rDNA
DOI:
https://doi.org/10.55250/Jo.vnuf.15.4.2026.013-020Từ khóa:
Gen COI, gen 16S rDNA, phân loại, Philypnus chalmersiTóm tắt
Nghiên cứu được thực hiện nhằm định danh và đánh giá đặc điểm di truyền của loài cá bống suối đầu ngắn (Philypnus chalmersi Nichols & Pope) tại tỉnh Thái Nguyên thông qua việc sử dụng hai trình tự DNA mã vạch COI và 16S rDNA. Tổng cộng 30 mẫu cá đã được thu thập tại ba xã Quân Chu, Thần Sa và La Bằng. Kết quả tách chiết DNA tổng số từ mô cơ cho thấy hàm lượng DNA đạt chất lượng tốt, dao động từ 42,15 đến 138,25 ng/µl với độ tinh sạch A260/A280 từ 1,69 đến 2,02. Phản ứng PCR đã nhân bản thành công các đoạn gen mục tiêu với kích thước khoảng 750 bp đối với gen COI và 250 bp đối với gen 16S rDNA. Phân tích trình tự 16S rDNA cho thấy các mẫu nghiên cứu có độ tương đồng cao nhất (96,60 – 97,56%) với loài Microdous chalmersi (một tên đồng nghĩa của P. chalmersi) trên Ngân hàng gen quốc tế (GenBank). Tuy nhiên, kết quả phân tích gen COI cho thấy các mẫu tại Thái Nguyên có khoảng cách di truyền khoảng 5% so với các trình tự quốc tế hiện có, gợi ý rằng P. chalmersi có thể là một “phức hợp loài” với sự đa dạng di truyền cao giữa các vùng địa lý. Các trình tự nucleotide thu được trong nghiên cứu này đã được đăng ký thành công trên GenBank với các mã số từ PX421032 đến PX421035 cho gen COI và từ PX415244 đến PX415248 cho gen 16S rDNA. Kết quả nghiên cứu không chỉ xác nhận sự hiện diện của loài P. chalmersi tại Thái Nguyên mà còn đóng góp dữ liệu di truyền quan trọng cho công tác bảo tồn và quản lý nguồn lợi thủy sản bản địa tại Việt Nam.
Tài liệu tham khảo
[1]. Phan Văn Mạch (2010). Đa dạng thành phần loài cá nước ngọt ở miền Bắc Việt Nam. Tạp chí Sinh học. 32(2): 67-75.
[2]. Mai Đình Yên (1978). Định loại cá nước ngọt miền Bắc Việt Nam. NXB Khoa học và Kỹ thuật.
[3]. Nguyễn Văn Hảo (2005). Cá nước ngọt Việt Nam. NXB Nông nghiệp.
[4]. Paul DN Hebert, Alina Cywinska, Shelley L Ball & Jeremy R DeWaard (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences 270(1512): 313-321.
[5]. Robert D Ward, Tyler S Zemlak, Bronwyn H Innes, Peter R Last & Paul DN Hebert (2005). DNA barcoding Australia's fish species. Philosophical transactions of the royal society B: biological sciences 360(1462): 1847-1857.
[6]. Constantina Sarri, Costas Stamatis, Theologia Sarafidou, Ioanna Galara, Vassilis Godosopoulos, Mathaios Kolovos, Constantina Liakou, Spyros Tastsoglou & Zissis (2014). A new set of 16S rRNA universal primers for identification of animal species. Food Control Mamuris. 43: 35-41.
[7]. Conggang Wang, Man Zhang, Guangping Cheng & Xiuli Chen (2019). The complete mitochondrial genome of Microdous chalmersi (Gobiiformes: Odontobutidae). Mitochondrial DNA Part B. 4(1): 1979-1980.
[8]. Lei Jiang, Mingwei Zhou, Kishor Kumar Sarker, Junman Huang, Wenjun Chen & Chenhong Li (2023). Mitochondrial genome uncovered hidden genetic diversity in Microdous chalmersi (Teleostei: Odontobutidae). Fishes. 8(5): 228.
[9]. Hui Li, Jiaqi Kong, Ruibin Xie, Wenjie Yu & Ailiang Chen (2022). Comparative rapid identification of Salmo salar, Oncorhynchus mykiss, and Oncorhynchus keta components based on loop-mediated isothermal amplification and quantitative polymerase chain reaction. Aquaculture. 550: 737835.
[10]. Tom A Hall (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic acids symposium series. Oxford. 95-98.
[11]. Sudhir Kumar, Glen Stecher & Koichiro Tamura (2016). MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular biology & evolution. 33(7): 1870-1874.
