Giám định phân tử loài Săng đào (Hopea ferrea Pierre) dựa trên trình tự nucleotide vùng gen ITS2 và matK
DOI:
https://doi.org/10.55250/Jo.vnuf.15.3.2026.034-043Từ khóa:
Hopea ferrea, ITS2, matK, mã vạch DNA, Ngân hàng genTóm tắt
Giám định chính xác loài là cơ sở thiết yếu cho nghiên cứu bảo tồn, phục hồi, nhân giống thực vật. Để nhận dạng loài thực vật, mã vạch DNA (các đoạn trình tự DNA ngắn, chuẩn hóa) thường được ứng dụng như một công cụ hữu hiệu. Trong nghiên cứu, nhóm tác giả sử dụng 2 đoạn mã vạch DNA là ITS2 và matK để nhận dạng loài Săng đào (Hopea ferrea Pierre) ở Vườn Quốc gia Phou Khao Khouay, nước Cộng hòa Dân chủ nhân dân Lào. Mẫu phân tích có trình tự nucleotide gen ITS2 (394 bp) tương đồng 99,24% và gen matK (821 bp) tương đồng 99,76% so với trình tự gen tương ứng của loài Hopea ferrea trên Ngân hàng gen. Cây phát sinh loài xây dựng dựa trên dữ liệu gen ITS2 và matK bằng phương pháp Maximum Likelihood cũng chỉ ra mẫu nghiên cứu thuộc loài Hopea ferrea. So sánh hiệu quả nhận dạng loài Săng đào bằng 2 đoạn DNA mã vạch cho thấy dữ liệu di truyền vùng gen ITS2 có hiệu quả phân biệt loài Săng đào với các loài cùng chi Hopea tốt hơn vùng matK với khoảng cách di truyền tính toán dựa trên gen ITS2 từ 0,2% đến 7,3%, trung bình 4,2%. Bên cạnh đó, việc ứng dụng hai chỉ chị ITS2 và matK làm gia tăng độ tin cậy của phương pháp nhận dạng loài Săng đào bằng mã vạch DNA.
Tài liệu tham khảo
[1]. N. V. Quy, Y. X. Kang, I. Ashrafu, M. Li, N. T. Tuan, V. Q. Nguyen & N. V. Hop (2022). Spatial distribution and association patterns of Hopea pierrei hance and other tree species in the Phu Quoc island evergreen broadleaved forest of Vietnam. Applied Ecology and Environmental Research. 20(2): 1911–1933.
DOI: 10.15666/aeer/2002_19111933.
[2]. P. B. Breslin, M. F. Wojciechowski & L. C. Majure (2021). Molecular phylogeny of the Mammilloid clade (Cactaceae) resolves the monophyly of Mammillaria. Taxon. 70(2): 308-323. DOI: 10.1002/tax.12451.
[3]. N. T. P. Trang, N. Duc, N. Sinh & L. Triest (2015). Application of DNA barcoding markers to the identification of Hopea species. Genetics and Molecular Research. 14(3): 9181-9190. DOI: 10.4238/2015.August.7.28.
[4]. P. D. Hebert, A. Cywinska, S. L. Ball & J. R. deWaard (2003). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 270(1512): 313-321. DOI: 10.1098/rspb.2002.2218.
[5]. J. D. Phillips, D. J. Gillis & R. H. Hanner (2022). Lack of statistical rigor in DNA barcoding likely invalidates the presence of a true Species' Barcode Gap. Frontiers in Ecology and Evolution. 10: 859099.
DOI: 10.3389/fevo.2022.859099.
[6]. S. Chen, H. Yao, J. Han, C. Liu, J. Song, L. Shi, Y. Zhu, X. Ma, T. Gao & X. J. P. o. Pang (2010). Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. PLoS ONE. 5(1): e8613. DOI: 10.1371/journal.pone.0008613.
[7]. R. A. Mir, K. A. Bhat, G. Rashid, L. B. Ebinezer, A. Masi, R. Rakwal, A. A. Shah & S. M. Zargar (2021). DNA barcoding: a way forward to obtain deep insights about the realistic diversity of living organisms. The Nucleus. 64(2): 157-165. DOI: 10.1007/s13237-020-00330-3.
[8]. T. A. Hall (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic acids symposium series. 41: 95-98.
[9]. S. Kumar, G. Stecher & K. Tamura (2016). MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. Molecular Biology and Evolution. 33(7): 1870-1874. DOI: 10.1093/molbev/msw054.
[10]. L. Wei, F. C. Pacheco-Reyes, J. A. Villarreal-Quintanilla, V. Robledo-Torres, J. A. Encina-Dominguez, E. E. Lara-Ramirez & M. A. Perez-Rodriguez (2024). Effectiveness of DNA barcodes (rbcL, matK, ITS2) in identifying genera and species in Cactaceae. Pakistan Journal of Botany. 56(5): 1911-1928.
DOI: 10.30848/PJB2024-5(11).
[11]. E. Prasetya, L. Lazuardi, F. Harahap, Y. Rachmawati, Y. Yusuf, S. I. Al Idrus & P. Prastowo (2023). Region of Nuclear Ribosomal DNA (ITS2) and Chloroplast DNA (rbc L and trn LF) as A Suitable DNA Barcode for Identification of Zingiber loerzingii Valeton From North Sumatera, Indonesia. Journal of Tropical Biodiversity and Biotechnology. 8(3): 76956. DOI: 10.22146/jtbb.76956.
