Xác định DNA mã vạch phục vụ giám định loài Lan kim tuyến Anoectochilus setaceus Blume
DOI:
https://doi.org/10.55250/Jo.vnuf.15.3.2026.026-033Từ khóa:
Giám định loài, Lan kim tuyến, mã vạch DNA, PCRTóm tắt
Lan kim tuyến là các loài cây dược liệu có giá trị kinh tế cao. Hiện nay, các sản phẩm dược liệu từ Lan kim tuyến đang được bán trên thị trường tràn lan như dạng viên nén, dạng thuốc Nam với giá thành rất cao. Do vậy, việc xác định các đoạn mã vạch DNA để định danh cho loài Lan kim tuyến (Anoectochilus setaceus) phục vụ giám định loài là cần thiết trong các sản phẩm dược liệu đó. DNA tổng số được phân lập từ mẫu mô cây Lan kim tuyến. Các đoạn mã vạch DNA (rbcL, TrnH-psbA và ITS2) được nhân bản từ DNA tổng số của Lan kim tuyến bằng kỹ thuật PCR. Sản phẩm PCR chỉ ra rằng các băng thu được có kích thước giống với kích thước dự kiến, sau đó sản phẩm PCR được xác định trình tự. Kết quả phân tích trình tự đã chỉ ra, đoạn rbcL có 669 nucleotide, đoạn TrnH-psbA có 747 nucleotide và đoạn ITS2 có 355 nucleotide. Các trình tự này được đăng ký trên Ngân hàng Gen Quốc tế (NCBI) với các mã số PV330331.1 của đoạn gen rbcL, PV330332.1 của đoạn gen trnH-psbA và PV262379.1 của đoạn ITS2 với Lan kim tuyến (Anoectochilus setaceus) nghiên cứu. So sánh sự khác biệt của ba đoạn chỉ thị rbcL, trnH-psbA và ITS2 cho thấy: đoạn gen ITS2 có sai khác với tỷ lệ 0,63%. Do vậy, có thể sử dụng chỉ thị ITS2 cùng với chỉ thị rbcL, trnH-psbA làm mã vạch DNA để giám định loài Lan kim tuyến (Anoectochilus setaceus) trong các sản phẩm dược liệu ở Việt Nam.
Tài liệu tham khảo
[1]. Nguyen Thuong Tuan & Nguyen Van Hong (2021). Research completing the process of flavonoid compound fractional extraction from Noectochilus setaceus Blume Cao Bang plant. TNU Journal of Science and Technology 226(10): 350-355. DOI: 10.34238/tnu-jst.4414
[2]. Le Dinh Chac, Bui Bao Thinh & Nguyen Thi Yen (2021). Anti-cancer activity of dry extract of Anoectochilus setaceus Blume against BT474 breast cancer cell line and A549 lung cancer cell line. Research Journal of Pharmacy and Technology. 14(2): 730-734.
[3]. W. J. Kress (2017). Plant DNA barcodes: Applications today and in the future. Journal of Systematics and Evolution. 55: 291–307.
DOI: 10.1111/jse.12254.
[4]. Muhammad Ismail, Aftab Ahmad, Muhammad Nadeem, Muhammad Asif Javed, Sultan Habibullah Khan, Iqra Khawaish, Aftab Alam Sthanadar, Sameer H. Qari, Suliman M. Alghanem, Khalid Ali Khan, Muhammad Fiaz Khan & Samina Qamer (2020). Development of DNA barcodes for selected Acacia species by using rbcL and matK DNA markers. Journal of Biological Sciences. 27(12): 3735-3742.
[5]. S. Zhu, Q. Li, S. Chen, Y. Wang, L. Zhou, C. Zeng & J. Dong (2018). Phylogenetic analysis of Uncaria species based on internal transcribed spacer (ITS) region and ITS2 secondary structure. Pharm Biol. 56(1): 548-58. DOI: 10.1080/13880209.2018.1499780.
[6]. V. V. Thakur, S. Tiwari, N. Tripathi & G. Tiwari (2019). Molecular identification of medicinal plants with amplicon length polymorphism using universal DNA barcodes of the atpF–atpH, trnL and trnH–psbA regions. Biotech. 9: 1-10. DOI: 10.1007/s13205-019-1724-6.
[7]. S. Zhu, Q. Liu, S. Qiu, J. Dai & X. Gao (2022). DNA barcoding: an efficient technology to authenticate plant species of traditional Chinese medicine and recent advances. Chinese Medicine. 17: 112.
DOI: 10.1186/s13020-022-00655-y.
[8]. Ha Van Huan, Hoang Minh Trang & Nguyen Van Toan (2018). Identification of DNA Barcode Sequence and Genetic Relationship among Some Species of Magnolia Family. Asian Journal of Plant Sciences. 17(1): 56-64. DOI: 10.3923/ajps.2018.56.64.
[9]. M. L. Hollingsworth, A. A. Clark, L. L. Forrest, J. Richardson, R. T. Pennington, D. G. Long, R. Cowan, M. W. Chase, M. Gaudeul & P. M Hollingsworth (2009). Selecting barcoding loci for plants: evaluation of seven candidate loci with species-level sampling in three divergent groups of land plants. . Mol Ecol Resour. 9(2): 439-457.
[10]. Xiaohui Pang, Chang Liu, Linchun Shi, Rui Liu, Dong Liang, Huan Li, Stacey S. Cherny & Shilin Chen (2012). Utility of the trnH‒psbA Intergenic spacer region and its combinations as plant DNA barcodes: A meta-analysis PLOS ONE. 7(11): e48833
[11]. M. A. Ali, G. Gyulai, N. Hidvegi, B. Kerti, F. M. Al Hemaid, A. K. Pandey & J. Lee (2014). The changing epitome of species identification– DNA barcoding. Saudi J. Biol. Sci. 21: 204–231.
[12]. Z. Kowalska, F. Pniewski & A. Latała (2019). DNA barcoding–A new device in phycolog’st’s toolbox. Ecohydrol. Hydrobiol. 19: 417–427.
DOI: 10.1016/j.ecohyd.2019.01.002.
[13]. S.G. Newmaster, A.J. Fazekas & S Ragupathy (2006). DNA barcoding in land plants: Evaluation of rbcL in a multigene tiered approach. Botany. 84: 335–341. DOI: 10.1139/b06-047.
[14]. K. Vijayan & C. H. Tsou (2010). DNA barcoding in plants: Taxonomy in a new perspective. Curr. Sci. 99: 1530–1541.
