Xác định, phân tích đặc tính và đánh giá biểu hiện đặc thù của nhóm gene mã hóa nhân tố phiên mã Platz liên quan đến sinh trưởng và phát triển ở cây sắn (Manihot esculenta)

Tóm tắt

Nhân tố phiên mã (transcription factor - TF) giàu AT và mang vùng bảo thủ đặc trưng cánh tay kẽm đặc trưng ở thực vật (plant AT-rich sequences and zinc-binding, PLATZ) là một trong những nhóm protein điều hòa quan trọng liên quan đến quá trình sinh trưởng và phát triển ở cây trồng. Tuy nhiên, thông tin về nhóm TF PLATZ trên cây sắn (Manihot esculenta) vẫn chưa được ghi nhận, mặc dù genome của cây sắn đã được công bố gần đây. Trong nghiên cứu này, nhóm TF PLATZ ở cây sắn đã được xác định, định danh và phân tích bằng cách sử dụng các công cụ tin sinh học. Kết quả đã cho thấy, tổng số 20 thành viên của nhóm TF PLATZ đã được báo cáo trên dữ liệu của cây sắn. Phân tích trình tự protein đầy đủ cho thấy nhóm TF PLATZ ở cây sắn có kích thước từ 182 - 277 gốc amino acid, trọng lượng từ 21,36 - 30,75 kDa. Đa số thành viên trong nhóm TF PLATZ là các protein có tính base và không ổn định trong điều kiện ống nghiệm. Chỉ số độ ưa nước trung bình của các protein đều < 0, chứng tỏ nhóm TF PLATZ ở cây sắn có tính ưa nước. Tiếp theo, phân tích dữ liệu microarray cho thấy các gene mã hóa nhóm TF PLATZ có biểu hiện đa dạng ở các mẫu mô và cơ quan/bộ phận chính trên cây sắn. Tóm lại, kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những thông tin cơ bản về nhóm TF PLATZ ở cây sắn, đồng thời cung cấp một danh sách các gene ứng viên nhằm phân tích chức năng liên quan đến các quá trình sinh lý trong nghiên cứu tiếp theo.