Nhận dạng di truyền cây quế (Cinnamomum aromaticum Ness)  dựa vào các vùng DNA mã vạch phổ quát

Nguyễn Thị Thơ; Khuất Thị Hải Ninh; Lê Hồng Liên; Phạm Thị Hạnh; Nguyễn Thanh Thủy Vân; Hoàng Văn Hải; Âu Thị Hằng; Trần Thị Mai Sen

doi:10.55250/Jo.vnuf.15.1.2026.041-050

Các tác giả

Nguyễn Thị Thơ Trường Đại học Lâm nghiệp
Khuất Thị Hải Ninh Trường Đại học Lâm nghiệp
Lê Hồng Liên Trường Đại học Lâm nghiệp
Phạm Thị Hạnh Trường Đại học Lâm nghiệp
Nguyễn Thanh Thủy Vân Trường Đại học Lâm nghiệp
Hoàng Văn Hải Công ty Cổ phần TechVina Holding
Âu Thị Hằng Công ty Cổ phần TechVina Holding
Trần Thị Mai Sen Trường Đại học Lâm nghiệp

DOI:

https://doi.org/10.55250/Jo.vnuf.15.1.2026.041-050

Từ khóa:

DNA mã vạch, định danh loài, ITS, nguồn gen, Quế

Tóm tắt

Quế (Cinnamomum aromaticum Ness) là loài cây có giá trị kinh tế cao nhờ hàm lượng tinh dầu quý. Tuy nhiên, đặc điểm hình thái tương đồng giữa các loài trong chi Quế khiến việc định danh bằng phương pháp truyền thống gặp nhiều khó khăn. Nghiên cứu này sử dụng ba vùng DNA mã vạch phổ quát gồm rbcL, trnL-trnF, ITS để phân tích 9 mẫu Quế thu thập tại tỉnh Quảng Ninh và Lào Cai. Các trình tự thu được có mức độ tương đồng rất cao (99,7-100%) so với các trình tự đã công bố trên GenBank. Số vị trí sai khác giữa các mẫu nghiên cứu và các loài cùng chi dao động từ 1-13 nucleotide. Trong đó, vùng ITS thể hiện khả năng phân biệt loài cao nhất, trong khi vùng trnL-trnF cho thấy giá trị phân giải thấp. Trình tự rbcL (567 bp), trnL–trnF (422 bp) và ITS (376 bp) được chuẩn hóa, phân tích bằng phần mềm BioEdit/MEGA7 và BLAST, sau đó đã đăng ký trên cơ sở dữ liệu GenBank (mã số: PV962818–PV962823; PV819493–PV819494). Kết quả khẳng định vùng ITS phân giải tốt quan hệ gần–xa giữa các mẫu Quế, hỗ trợ hiệu quả giám định giống, truy xuất nguồn gốc và kiểm soát chất lượng tinh dầu trong sản xuất. Nghiên cứu góp phần khẳng định tính hiệu quả của DNA mã vạch trong định danh C. aromaticum, đồng thời cung cấp cơ sở khoa học cho bảo tồn và phát triển nguồn gen Quế ở Việt Nam.

Tài liệu tham khảo

[1]. Shilin Chen, Hui Yao, Jianping Han, Chang Liu, Jingyuan Song, Linchun Shi, Yingjie Zhu, Xinye Ma, Ting Gao & Xiaohui Pang (2010). Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species. PloS one. 5(1): e8613. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0008613

[2]. Hollingsworth M.L. & Clark A. (2009). Selecting barcoding loci for plants: evaluation of seven cDNAidate loci with species‐level sampling in three divergent groups of land plants. Molecular Ecology Resources. 9(2): 439-457. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02439.x

[3]. Schoch C.L. & Seifert K.A. (2012). Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences. 6241-6246.

[4]. J. Yu, Xue J.H. & Zhou S.L. (2011). New universal matK primers for DNA barcoding angiosperms. Journal of Systematics DNA Evolution. 49(3): 176-181. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1759-6831.2011.00134.x

[5]. Tạ Minh Quang (2023). Nghiên cứu một số đặc điểm sinh học và kỹ thuật trồng thâm canh quế (Cinnamomum cassia bl.) tại ba vùng sinh thái chính của Việt Nam. Trường Đại học Lâm nghiệp.

[6]. Hà Bích Hồng, Nguyễn Thế Hưởng, Nguyễn Thị Lan Anh, Phùng Văn Phê, Hoàng Văn Sâm & Nguyễn Xuân Vinh (2021). Giám định và đánh giá đa dạng di truyền loài Xá xị (Cinnamomum parthenoxylon (Jack) Meisn) tại vườn Quốc gia Tam Đảo bằng chỉ thị ADN mã vạch. Tạp chí Khoa học và Công nghệ Lâm nghiệp. 6: 13-24.

[7]. Vu Dinh Duy, Pham Mai Phuong, Dang Ngoc Huyen, Le Xuan Dac , Dang Hung Cuong, Nguyen Hung Cuong & Nguyen Dang Hoi (2024). Identification and Genetic Diversity Analysis of Cinnamomum parthenoxylon (Jack) Meisn Species in Song Hinh Protection Forest, Vietnam Based on Three Chloroplast Gene Regions. Biomedical and Biotechnology Research Journal (BBRJ). 8(4): 415-421. DOI: https://doi.org/10.4103/bbrj.bbrj_268_24

[8]. Vu Dinh Duy, Pham Mai Phuong, Bui Thi Tuyet Xuan, Vu Dinh Giap, Nguyen Quynh Trang & Hoang Thi Tham (2025). Molecular based identification and phylogenetic relationship by using ITS-rDNA and YCF1 gene of Cinnamomum parthenoxylon (Jack) Meisn. in northern Vietnam. Vietnam Journal of Biotechnology. 23(3): 369-390. DOI: https://doi.org/10.15625/vjbt-22856

[9]. Nguyễn Thu Hiền, Nguyễn Thị Nguyệt, Bùi Thị Kim Oanh, Bùi Thị Lan Phương, Nguyễn Thị Kiều Anh, Trần Văn Ơn, Nguyễn Trường Khoa & Trần Duy Cường. (2025). Đánh giá đa dạng di truyền và nhận dạng nguồn gene cây Quế (Cinnamomum) bằng giải trình tự nucleotide vùng trnL/trnF. Tạp chí Nông thôn và Phát triển (Online). Truy cập từ:

https://nongthonvaphattrien.vn/danh-gia-da-dang-di-truyen-va-nhan-dang-nguon-gene-cay-que-cinamomum-bang-giai-trinh-tu-nucleotide-vung-trnltrnf-a27152.html

[10]. Mareshige Kojoma, Kogo Kurihara, Kazuya Yamada, Setsuko Sekita, Motoyoshi Satake & Osamu Iida (2002). Genetic identification of cinnamon (Cinnamomum spp.) based on the trnL-trnF chloroplast DNA. Planta Medica. 68(01): 94-96. DOI: https://doi.org/10.1055/s-2002-20051

[11]. CHWMR Bhagya Chandrasekara, D Nathasha U Naranpanawa, B Supun Bandusekara, DKNG Pushpakumara, D Siril A Wijesundera & Pradeepa CG Bandaranayake (2021). Universal barcoding regions, rbc L, mat K and trn H-psb A do not discriminate Cinnamomum species in Sri Lanka. PLoS One. 16(2): e0245592. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0245592

[12]. Eui Jeong Doh, Jung-Hoon Kim, Seung Eun Oh & Guemsan Lee (2017). Identification and monitoring of Korean medicines derived from Cinnamomum spp. by using ITS and DNA marker. Genes & Genomics. 39: 101-109. DOI: https://doi.org/10.1007/s13258-016-0476-5

[13]. S-C Lee, S-J Chiou, J-H Yen, T-Y Lin, K-T Hsieh & J-C Yang (2010). DNA barcoding Cinnamomum osmophloeum Kaneh. based on the partial non-coding ITS2 region of ribosomal genes. Journal of Food and Drug Analysis. 18(2): 7. DOI: https://doi.org/10.38212/2224-6614.2286

[14]. Jens G Rohwer, Dimitrij Trofimov, Eike Mayland-Quellhorst & Dirk Albach (2019). Incongruence of morphological determinations and DNA barcode sequences: a case study in Cinnamomum (Lauraceae). Willdenowia. 49(3): 383-400. DOI: https://doi.org/10.3372/wi.49.49309

[15]. VP Swetha, VA Parvathy, TE Sheeja & B Sasikumar (2014). DNA barcoding for discriminating the economically important Cinnamomum verum from its adulterants. Food Biotechnology. 28(3): 183-194. DOI: https://doi.org/10.1080/08905436.2014.931239

[16]. Kress WJ. & Erickson DL. (2007). A Two-Locus Global DNA Barcode for Land Plants: The Coding rbcL Gene Complements the Non-Coding trnH-psbA Spacer Region. PLoS ONE 2(6): e508. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000508

[17]. Pierre Taberlet, Ludovic Gielly, Guy Pautou & Jean Bouvet (1991). Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA. Plant molecular biology. 17: 1105-1109. DOI: https://doi.org/10.1007/BF00037152

[18]. Hall TA. (1999). BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series. 41: 95-98.

[19]. Sudhir Kumar, Glen Stecher & Koichiro Tamura (2016). MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular biology and evolution. 33(7): 1870-1874. DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msw054

[20]. Pierre Taberlet, Eric Coissac, François Pompanon, Ludovic Gielly, Christian Miquel, Alice Valentini, Thierry Vermat, Gerard Corthier, Christian Brochmann & Eske Willerslev (2007). Power and limitations of the chloroplast trn L (UAA) intron for plant DNA barcoding. Nucleic acids research. 35(3): e14. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkl938