Xác định DNA mã vạch giống Bạch đàn lai UP35 (Eucalyptus urophylla x Eucalyptus pellita) và UP54 (Eucalyptus urophylla x Eucalyptus pellita)  phục vụ giám định giống cây

Bùi Thị Mai Hương; Hà Văn Huân; Lê Thọ Sơn

doi:10.55250/Jo.vnuf.13.4.2024.011-022

Từ khóa:

Bạch đàn lai UP35, Bạch đàn lai UP54, giám định loài, mã vạch DNA, PCR

Tóm tắt

Giống Bạch đàn lai UP35 (E. urophylla x E. pellita) và UP54 (E. urophylla x E. pellita) là giống cây có giá trị kinh tế cao ở Việt Nam. Tuy nhiên, việc xác định các giống này còn hết sức khó khăn do chúng có hình thái các giống cây rất giống nhau. Do đó, mục đích của nghiên cứu này là sử dụng phương pháp phân tử DNA mã vạch để xác định các giống Bạch đàn lai UP35 và UP54. Các kết quả cho thấy các băng của sản phẩm PCR đúng với kích thước dự kiến như 643 bp, 743 bp, 626 bp, 563 bp và 214 bp tương ứng với các đoạn gen matK, rbcL, trnH-psbA, ITS và ITS2. Kết quả so sánh với các trình tự trên Ngân hàng gen Quốc tế (NCBI) cho thấy giống Bạch đàn lai UP35 và UP54 có tỷ lệ tương đồng của trình tự đoạn gen rbcL và matK và trnH-psbA là 100% và tỷ tương đồng là 99,06% và 98,29 % tương ứng của đoạn gen ITS và ITS2. Các kết quả này cho thấy sử dụng chỉ thị ITS và ITS2 làm DNA mã vạch để giám định giống Bạch đàn lai UP35, UP54 ở Việt Nam là tốt nhất. Kết quả nghiên cứu là cơ sở quan trọng cho việc xác định giống Bạch đàn lai UP35, UP54 đang trồng ở nước ta phục vụ các định hướng phát triển trong tương lai.

Tài liệu tham khảo

. W. J. Kress (2017). Plant DNA barcodes: Applications today and in the future. Journal of Systematics and Evolution. 55: 291–307.

. A. Rydberg (2010). DNA barcoding as a tool for the identification of unknown plant material:A case study on medicinal roots traded in the medina of Marrakech. M.SC thesis, Uppsala University CBOL ABS Brochure.

. H. V. Huan, H. M. Trang & N. V. Toan (2018). Identification of DNA Barcode Sequence and Genetic Relationship among Some Species of Magnolia Family. Asian Journal of Plant Sciences. 17(1): 56-64.

. M. Latvis, S. M. E. Mortimer, D. F. Morales-Briones, S. Torpey, S. U. Convers, S. J. Jacobs, S. Mathews & D. C. Tank (2017). Primers for Castilleja and their utility across Orobanchaceae: I. Chloroplast primers. Appl Plant Sci. 5: 1-7.

. V. V. Thakur, S. Tiwari, N. Tripathi & G. Tiwari (2019). Molecular identification of medicinal plants with amplicon length polymorphism using universal DNA barcodes of the atpF–atpH, trnL and trnH–psbA regions. Biotech. 9: 1-10.

. N. Zhang, D. L. Erickson, P. Ramachandran, A. R. Ottesen, R. E. Timme, V. A. Funk, Y. Luo & S. M. Handy (2017). An analysis of Echinacea chloroplast genomes: Implications for future botanical identification. Scientific Reports. 7(1):216.

. S. Zhu, Q. Li, S. Chen, Y. Wang, L. Zhou, C. Zeng & J. Dong (2018). Phylogenetic analysis of Uncaria species based on internal transcribed spacer (ITS) region and ITS2 secondary structure. Pharm Biol. 56(1): 548-558.

. S. Zhu, Q. Liu, S. Qiu, J. Dai & X. Gao (2022). DNA barcoding: an efficient technology to authenticate plant species of traditional Chinese medicine and recent advances. Chinese Medicine. 17(1):112.

. R.A Levin, W.L. Wagner, P.C. Hoch, M. Nepokroeff, J.C. Pires, E.A. Zimmer & K.J. Sytsma (2003). Family-level relationships of onagraceae based on chloroplast rbcL and ndhF data. Am. J. Bot. 90: 107-115.

. W.J. Kress & D.L. Erickson (2007). A two-locus global DNA barcode for land plants: The coding rbcL gene complements the non-coding TrnH-psbA spacer region. PLoS ONE. 2.10.1371/journal.pone.0000508.

. T. Sang, D Crawford & T. Stuessy (1997). Chloroplast DNA phylogeny, reticulate evolution and biogeography of Paeonia (Paeoniaceae). Am. J. Bot. 84. 1120-1136.

. J.A. Tate & B.B. Simpson (2003). Paraphyly of Tarasa (Malvaceae) and diverse origins of the polyploid species. Syst. Bot. 28: 723-737.

. D. A. Steane, G. E.McKinnon, R. E.Vaillancourt & B. M.Potts. ITS Sequence Data Resolve Higher Level Relationships Among the Eucalypts. Molecular Phylogenetics and Evolution. 12(2): 215-223.

. M. Fladung, H. Schroeder, C. Wehenkel & B. Kersten (2015). Differentiation of six Eucalyptus trees grown in Mexico by ITS and six chloroplast barcoding markers. Silvae Genetica. 64: 121-130.